先日こちらのサイトをみて非常に参考になったため２回目になりますが質問させていただきます。弊社は総菜工場で月に１回手指の検査をしております。検査方法は洗剤で手指を洗浄後、ジェットタオルで乾燥しアルコール噴霧後に拭き取りキット（綿棒タイプ）で両手を拭き取ります。培養は自社でペトリフィルムを用いて一般生菌・大腸菌・大腸菌群・黄色ブドウ球菌を実施しており、基準は一般生菌300以下、その他は陰性です。2004.3.23日に質問されている方と同様で手荒れ等がないのに一般生菌が1000を超える人が数人〜数十人います。もちろん拭き取る時は立ち合っているため洗い方が不十分ではありません。いろいろ調べてもわからないため投稿させていただきました。私が出来るのは基準を上げる（1000ぐらいに）かジェットタオルをやめてペーパータオルにすることぐらいなのですが・・・・

お役に立ててうれしいです。

2004年の質問とはこれですね。
タイトル ： 手指の細菌数　投稿者 ： ぱちこ
http://www.shokuei.sakura.ne.jp/shokuei/past_data/log/0145.html

ご質問の手指検査では皮膚の常在菌を検査されているようですので、そのようなことが起こりますよね。

「綿棒で拭き取って菌が検出される」ということは、拭き取れば落ちる菌が残っているということですので、ご提案のペーパータオルは一定の効果があるでしょうね。

皮膚の常在菌については、トップページの「リンク集」にある、「花王くらしの研究、家庭の手洗いと食中毒の予防（参考/食中毒原因菌と皮膚常在菌）」が参考になると思います。
http://www.kao.co.jp/lifei/info/chuudoku_new/1999_07.pdfl

ところで、衛生的な惣菜工場では、従事者の手指の菌による汚染対策は当然なされており、使い捨て手袋や殺菌済みの器具による作業となっていると思います。逆にいえば、手指による汚染が考えられる工程を見直すのが先で、「基準を上げる（1000ぐらいに）」は私も妥当な解決策と思います。

次の論文はご参考になりませんでしょうか。
「手指付着細菌に対する各種洗剤・消毒剤の消毒持続効果の検討」岐阜医療科学大学紀要 2, 39-41 ,20080000
http://sc.chat-shuffle.net/paper/uid:110006978493
「速乾性擦式消毒剤による手指消毒後のセレウス菌などのグラム陽性有芽胞桿菌の残存 」産業医科大学雑誌 28(4), 401-410 ,20061201
http://ci.nii.ac.jp/naid/110004862616

お世話になります。
非常に参考になりました。
追加で伺いたいのですが
弊社では頂いた資料のシャボネットを使用しているのですが、資料ではシャボネットで洗浄後ペーパータオルで拭いた直後の検査では約400以下になっているかと思います。
弊社ではシャボネットで洗浄後ジェットタオルで乾かした後アルコール消毒までしているのでそれを考えると現状の300＞の基準が良いかと思っているのですが・・・。しかし現状はアルコール消毒までしても1000＞の従業員もいます。皮膚の常在菌はアルコールでは除去できないものなのでしょうか？
その他ジェットタオルが原因というのも一つあるのですが、スタンプタイプを使ったことがないのでわからないのですが、少し前に取引先から聞いたことがあることで綿棒タイプの拭き取りキットは、スタンプタイプより菌が高めに出ることがあると聞いたことがあります。
現に指と指の間まで拭き取っています。
そのようなことはあるのでしょうか？
ちなみに弊社では素手で食材を触ることはなく全員手袋着用です。
包装後の商品は素手で触ることもあります。

http://www.kansensho.or.jp/sisetunai/pdf/03.pdf

https://www.nichiju.or.jp/gakkai/sonota/chugoku/20chugokukoumain.pdf
演題番号：１２
演題名：集団給食施設におけるジェットタオルの衛生管理
http://jglobal.jst.go.jp/public/20090422/200902239343808873（管理人補遺：2012/10/22　リンク切れによる追加）