弊社では汚染エリアとして野菜を洗浄カットする部署があります。段ボールは持ち込み禁止としておりますが、先日従業員より「汚染エリアは外と一緒なので段ボールの持ち込み禁止はおかしいのではないか」という意見がありました。その見解自体は確かにと思いましたが「虫や異物混入の観点より禁止」で納得していただきました。そこで通い容器などは汚染エリアに持ち込んでいますが、良いのでしょうか？

法第15条では営業上使用する器具及び容器包装は、清潔で衛生的でなければならない。と義務付けていますので、通い容器もダンボール箱と同様に取り扱う必要があると思います。
もっとも、取引先が出荷、運搬について適法に十分な衛生管理を行っていれば、現状と同様でも違法ではないと思います。

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