特定加熱食肉製品の製造基準によると、加熱殺菌は製品中心部の温度が「63℃瞬時」でよいとされています。

１　豚肉の規格基準では加熱条件を「63℃30分と同等」としていま
　　す。食肉製品は除くとしていますが、本来「63℃30分と同等」の
　　殺菌が必要ならば、豚肉の特定加熱食肉製品の場合、「63℃瞬
　　時」の加熱殺菌では不十分なのではないのでしょうか。

２　特定加熱食肉製品の原料である「肉塊」に大きさの規定はないの
　　ではしょうか。例えば、比較的小さい塊の場合、中心部と外側の
　　温度差は小さいため、外側が「63℃」以上の時間帯は短くなりま
　　す。その場合、汚染の可能性がある外側の加熱殺菌が不十分とな
　　るような気がします。（加熱食肉製品等の基準である「63℃30分
　　と同等」と比べると非常に緩いです。）

３　加熱殺菌「63℃瞬時」の条件は、どのような病原微生物の殺菌を
　　想定しているのでしょうか。

ご質問は以下の規定のことですね。

食品、添加物等の規格基準　（昭和34年厚生省告示第370号）−抄−
http://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/shokuhin/jigyousya/shokuhin_kikaku/370b.html
豚肉⇒
第1　食品
Ｂ　食品一般の製造，加工及び調理基準
9 牛の肝臓又は豚の食肉は，飲食に供する際に加熱を要するものとして販売の用に供されなければならず，牛の肝臓又は豚の食肉を直接一般消費者に販売する場合は，その販売者は，飲食に供する際に牛の肝臓又は豚の食肉の中心部まで十分な加熱を要する等の必要な情報を一般消費者に提供しなければならない。ただし，第１ 食品の部Ｄ 各条の項○ 食肉製品に規定する製品（以下９において「食肉製品」という。）を販売する場合については，この限りでない。
　販売者は，直接一般消費者に販売することを目的に，牛の肝臓又は豚の食肉を使用して，食品を製造，加工又は調理する場合は，その食品の製造，加工又は調理の工程中において，牛の肝臓又は豚の食肉の中心部の温度を63℃で30 分間以上加熱するか，又はこれと同等以上の殺菌効果を有する方法で加熱殺菌しなければならない。ただし，一般消費者が飲食に供する際に加熱することを前提として当該食品を販売する場合（以下９において「加熱を前提として販売する場合」という。）又は食肉製品を販売する場合については，この限りでない。加熱を前提として販売する場合は，その販売者は，一般消費者が飲食に供する際に当該食品の中心部まで十分な加熱を要する等の必要な情報を一般消費者に提供しなければならない。

特定加熱食肉製品⇒
食肉製品の製造基準 (抄)
http://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11130500-Shokuhinanzenbu/0000071198.pdf
(１) 一般基準　（略）
(２) 個別基準
３．特定加熱食肉製品
特定加熱食肉製品は、次の基準に適合する方法で製造しなければならない。
ａ 製造に使用する原料食肉は、と殺後 24 時間以内に４°以下に冷却し、かつ、冷却後４°以下で保存した肉塊で pH が 6.0 以下でなければならない。
ｂ 製造に使用する冷凍原料食肉の解凍は、食肉の温度が 10°を超えることのないようにして行わなければならない。
ｃ 製造に使用する原料食肉の整形は、食肉の温度が 10°を超えることのないようにして行わなければならない。
ｄ 食肉の塩漬けを行う場合には、肉塊のままで、乾塩法又は塩水法により行わなければならない。
ｅ 塩漬けした食肉の塩抜きを行う場合には、５°以下の飲用適の水を用いて、換水しながら行わなければならない。
ｆ 製造に調味料等を使用する場合には、食肉の表面にのみ塗布しなければならない。
ｇ 製品は、肉塊のままで、その中心部を次の表の第１欄に掲げる温度の区分に応じ、同表の第２欄に掲げる時間加熱し、又はこれと同等以上の効力を有する方法により殺菌しなければならない。この場合において、製品の中心部の温度が 35°以上52°未満の状態の時間を 170 分以内としなければならない。
第１欄 　63°第２欄 瞬時
ｈ 加熱殺菌後の冷却は、衛生的な場所において十分行わなければならない。この場合において、製品の中心部の温度が 25°以上 55°未満の状態の時間を 200 分以内としなければならない。なお、冷却に水を用いるときは、飲用適の流水で行わなければならない。
ｉ 冷却後の製品の取扱いは、衛生的に行わなければならない。

相談内容のとおり、加熱時間は特定加熱食肉製品の方が短く、緩いですね。
ご相談の内容を検討するためにもう少し整理してみました。

特定加熱食肉製品の製造基準は「食品、添加物等の規格基準」（昭和34年厚生省告示第370号）で定められています。
厚生労働省が利用者の利便のため、この告示の各条に記載されている規格基準を食品別に掲載したのが次のサイトにあります。
食品別の規格基準について　http://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11130500-Shokuhinanzenbu/0000071198.pdf
○食肉製品　http://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11130500-Shokuhinanzenbu/0000071198.pdf

食肉製品については、１成分規格と２食肉製品の製造基準、３ 食肉製品の保存基準 の3つが定められています。

特定加熱食肉製品には規格基準の中身を見ていただくと分かるように、かなり厳しい規定があることが分かります。
これは、ローストビーフなどの特定加熱食肉製品をできるだけ安全に、できるだけ美味しくなるように工夫されていると思います。

食肉（加熱用）は主に、しっかり加熱することで安全を担保しようというものですが、
特定加熱食肉製品では加熱時間が短く、大腸菌（E.Coli)も１ｇにつき 100 以下、黄色ブドウ球菌も１ｇにつき1,000以下なら許される代わりに製造に使用する原料食肉や保存基準、食品衛生管理者の設置などに規制があります。
従って、豚肉はE型肝炎ウイルス、サルモネラ属菌やカンピロバクター・ジェジュニ/コリ食中毒防止に主眼を置き、
http://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11130500-Shokuhinanzenbu/leaflet-ippann.pdf
特定加熱食肉製品は下の個別規格にあるように、腸管出血性大腸菌、ボツリヌス菌、黄色ブドウ球菌、サルモネラ属菌対策をおこなうことにより、安全を担保しようとしているのではないでしょうか。

以下　参考

１ 食肉製品の成分規格 (抄)
http://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-11130500-Shokuhinanzenbu/0000071198.pdf
(１) 一般規格
食肉製品は、その１kg につき 0.070ｇを超える量の亜硝酸根を含有するものであってはならない。
(２) 個別規格
３．特定加熱食肉製品（その中心部の温度を 63°で 30 分間加熱する方法又はこれと同等以上の効力を有する方法以外の方法による加熱殺菌を行った食肉製品をいう。ただし、乾燥食肉製品及び非加熱食肉製品を除く。以下同じ。）は、次の規格に適合するものでなければならない。
ａ Ｅ．coli が、検体１ｇにつき 100 以下でなければならない。
ｂ クロストリジウム属菌（グラム陽性の芽胞形成桿かん菌であって亜硫酸を還元する嫌気性の菌をいう。以下同じ。）が、検体１ｇにつき 1,000 以下でなければならない。
ｃ 黄色ブドウ球菌が、検体１ｇにつき 1,000 以下でなければならない。
ｄ サルモネラ属菌陰性でなければならない。

３ 食肉製品の保存基準
(1)一般基準（略）
(2)個別基準
　3.特定加熱食肉製品
　特定加熱食肉製品のうち、水分活性が 0.95 以上のものにあっては、４°以下で、水分活性が 0.95 未満のものにあっては、10°以下で保存しなければならない。

> 特定加熱食肉製品の製造基準によると、加熱殺菌は製品中心部の温度が「63℃瞬時」でよいとされています。
>
> １　豚肉の規格基準では加熱条件を「63℃30分と同等」としていま
> 　　す。食肉製品は除くとしていますが、本来「63℃30分と同等」の
> 　　殺菌が必要ならば、豚肉の特定加熱食肉製品の場合、「63℃瞬
> 　　時」の加熱殺菌では不十分なのではないのでしょうか。

　豚肉の加熱条件については、食品安全委員会の答申では厚生労働省の諮問にある63℃30分間を前提としながらも具体的に設定していません。厚生労働省の審議会では、文献調査で得られたHEVの不活化条件、加熱食肉製品の製造基準等をその理由としています。
　従って、豚肉一般の基準ではHFVの不活化基準や従前の加熱基準を承継しながら、食肉製品については別に評価するという立場だと思います。
　食肉製品については、リステリア、HEV等による健康被害の状況及びCODEX基準等を踏まえて、必要に応じて検討されるという認識でいますがどうでしょうか。

> ２　特定加熱食肉製品の原料である「肉塊」に大きさの規定はないの
> 　　ではしょうか。例えば、比較的小さい塊の場合、中心部と外側の
> 　　温度差は小さいため、外側が「63℃」以上の時間帯は短くなりま
> 　　す。その場合、汚染の可能性がある外側の加熱殺菌が不十分とな
> 　　るような気がします。（加熱食肉製品等の基準である「63℃30分
> 　　と同等」と比べると非常に緩いです。）

これについては、成分規格で衛生確保されるものだと思います。実際に汚染されているようなことがあれば、一般的衛生管理の改善や加熱条件・冷却条件の再設定等を検討する必要があると思います。

> ３　加熱殺菌「63℃瞬時」の条件は、どのような病原微生物の殺菌を
> 　　想定しているのでしょうか。

成分規格の内容を考えると、サルモネラではないでしょうか。ただ、2で書いたように少なくとも成分規格を満たすことが出来なければ製品化できませんし、他の病原微生物の残存があれば、食品衛生法第６条の規定から販売等が禁止されます。

管理者様記載の通り、御質問の特定加熱食肉製品の製造については、上記の成分規格等の他、施設設備の基準、食品衛生管理者の設置等の法律的な担保がされており、豚肉一般と加熱条件のみで同一視することは適当でなく、また豚肉の加熱条件の法令上の抜け道に利用することも不可能だと思います。