弱酸性水（ph6〜6.9）は、除菌・滅菌（O157など）や
生魚の寄生虫除去に役立ちますか？

ご相談の弱酸性水（ph6〜6.9）とは塩酸や酢酸でpHを調整した水のことではなく次の水のことでしょうか？
（塩酸でｐHを調節した弱酸性水は酸による除菌効果を期待できません。）

○微酸性次亜塩素酸水：3%以下の塩酸及び 5%以下の塩化ナトリウムを含む水溶液を無隔膜電解槽（隔膜で隔てられていない陽極及び陰極で構成されたものをいう。）内で電解して得られる水溶液をいう。 
含量 本品は，有効塩素 50〜80mg／kg を含む。 
ｐＨ 5.0〜6.5 

参考
次亜塩素酸水の成分規格改正に関する部会報告書（案）
http://www.mhlw.go.jp/shingi/2007/03/dl/s0320-7h.pdf

除菌・滅菌（O157など）には役立つでしょうが、生魚の寄生虫についての効果については知りません。
最近問題になっている生食用魚の寄生虫は筋肉中に存在するものですが、これには役立たないと思います。

なお、「次亜塩素酸水は，最終食品の完成前に除去しなければならない。」となっています。充分すすぎ洗いすることが必要です。