取引先様の監査などでパイプなどのさびを指摘される事があります。
交換できるものはすぐに交換しますが交換が出来ないものも
あります。どのような処置が正しいのでしょうか？
さび止め等でしょうか？さび止めが食品に入ると嫌なので
現在は少々のさびであればそのままにしております。
よろしくお願いします。

　パイプ等にさびが発生しやすいということは、その機械器具の材質、使用環境によるものでしょうから、異なる材質の部品への交換が妥当な選択でしょう。ピンホールや亀裂ができてからでは手遅れになると思います。
　交換できないということは、その内部の状況を確認したことがない、つまり定期点検からもれているということでしょうか。

> 　交換できないということは、その内部の状況を確認したことがない、つまり定期点検からもれているということでしょうか。

お世話になります。交換出来ないというわけでもないのですが、さびているものをすべて交換するとなると大きな費用が発生するため安価で防げる方法はないものかと思っております。もちろん食品に直接振れるところや、隣接するところではなく一般区域のような場所であったりスイッチのボックスの一部だったりなのですが・・・

いわゆる「サビ転換剤」を使用されてはいかがでしょうか。