アドバイスよろしくお願い致します。

弊社では、自社工場を持たず、顆粒の乾燥物の個包装そして箱充填を外注委託工場にお願いしています。これで最終製品となります。最終製品の水分値等の検査はしてもらい検査成績書を貰っているのですが、包装後の最終製品の微生物検査は、委託工場でしてもらっていません。
ですので、検査サンプルを弊社で微生物検査をしています。
委託工場は、充填包装とはいえ、製造業に当たると思うのですが、製品、製造過程の安全性を保障するための微生物検査をする義務というのは、発生しないのでしょうか？
この委託工場の他にも外注委託工場で同じように充填包装を依頼してますが、微生物検査をしてもらっています。
中身の顆粒はまた別の委託工場で製造してもらい微生物検査済みです。

>微生物検査をする義務

食品衛生法で成分規格が定められている食品は別として、その他の食品は零細な業者さんもあることを勘案し、義務と言うより努力規定となっていると思います。

大阪府の食の安全推進課のホームページでは食品関連事業者向けの情報を掲載しています。
「衛生管理に関する情報」には次のような記載があります。

食品等事業者の責務（Ｈ20.3.13）
http://www.pref.osaka.jp/shokuhin/gyoukai-kannri/sekimu.html

以下引用
ＨＡＣＣＰ（ハサップ）の考え方による自主管理の実施
　食品の危害防止に関する知識及び技術の習得に努め、食品衛生法で決められた基準などを守るとともに、製造・加工・調理段階における危害を認識し、適切に管理することが必要です。
　また、製造・加工・調理した食品について自主検査を行い、その安全性を確認することも必要です。
引用終わり

上記の根拠としては

「食品等事業者が実施すべき管理運営基準に関する指針(ガイドライン)」（平成16年2月27日付け食安発第0227012号）（最終改正　平成20年4月22日付け食安発第0422001号）(各都道府県知事・各指定都市長・各中核市長あて厚生労働省医薬食品局食品安全部長通知)

の次の部分が該当します。

(2)　定期的に製品検査やふき取り検査等を実施し、施設の衛生状態を確認することにより、(1)で作成した管理運営要領の効果を検証し、必要に応じその内容を見直すこと。