お世話になります。
地下水を使用しております。年1回26項目を実施していたのですが大量調理施設マニュアルには年2回以上と書かれております。食品衛生法には年1回と記載していたような気がするのですが、やはり年2回必要でしょうか？

>食品衛生法には年1回と記載していたような気がするのですが、

そうですね、正確には年一回以上と思います。

参考までに使用水の検査の規定についてまとめてみました。
http://shokuei.web.infoseek.co.jp/archive/note/2522mizu.html

私としては
会社の規模が大きくなり、社会的影響が大きいところや
使用水の水質が降水などによって大きく影響を受ける施設については年2回以上検査をしていただきたいと思います。

法的な義務としては、工場所在地の食品衛生法施行条例にどのように規定されているかによります。

東京都と大阪府の場合には、条例規定の水道の取扱いが異なっています。
この場合には、食品衛生法施行条例のみならず水道関係法令（条例を含む）に規定された検査等が義務付けられていると考えます。
さらに食品営業に使用する場合には、御質問の規定が適用されるとお考えいただくのが適当です。

お世話になります。
上記参考になりました。
所轄の保健所が次回来るときに聞いてみたいと思います。