ＦＣ（加盟店）が本部の指定外の食材を無断使用して
もし、事故が起きた場合、本部、加盟店にかかる
責任はどうなりますか？

　食品衛生法上はFCの営業者に法律上の責任が生じます。それは、指定食材であろうと指定外食材であろうと同様です。
　また、共通の食材、商品で事故が発生（法違反）に至った場合は、ドーナツチェーンで本社に一部営業禁止の行政処分が命じられたことがありますね。