刺身の除菌に関してですが、次亜塩素酸ナトリウムの使用は
認められているのでしょうか？
また、一般的にどのような除菌をされているのですか？
恐れ入りますが、よろしくお願いいたします。

認められているられていない以前に、次亜塩素酸ナトリウムはタンパク質や脂質などの有機物に触れると効果が激減します。なので、次亜塩素酸ナトリウムでは除菌はできません。刺し身では「つけない」「ふやさない」「ころす」の食中毒防止の3原則の中で「ころす」は不可能といって良いくらい難しいです。

例外的にCO2 ガスとともに密封して、冷却すると腸炎ビブリオが死滅するという報告がありますが、実用化されているかは、すみませんわかりません。
http://chizai.s.kaiyodai.ac.jp/seeds/shokuhin2.pdf