特定保健用食品を申請しようと思っているのですが、
トクホ代行の業者に頼もうと思っているのですが、通常
どのくらいかかるものかわかりますか？

申請する商品によっても手間が違うと思いますが、
規格基準型である程度手続きが簡略化されたものを申請しようと
考えています。

また、申請して不承認になることはあるのですが？
審査は厚生省等でしていると耳にしたことはあるのですが・・・

特保の申請はしたことがありませんが、知っている範囲でコメントします。
申請は保健所ですが、審査は厚労省・基準審査課新開発食品保健対策室で行われます。
審査の厳しい個別許可型特保とは異なり、規格基準型特保は下記の厚労省通知の規格基準を満たし、書類に不備がなければ、不承認になることはないと思います。０６年１１月までに４品目が許可されています。
http://wwwhourei.mhlw.go.jp/hourei/doc/tsuchi/170715-e.pdf#

代行業者の費用はわかりませんが、代行業者に依頼するまえに、（財）日本健康・栄養食品協会にご相談されることをお勧めします。特保部で相談を受け付けています。０６年３月に行われた講習会では、書類審査だけであれば３〜５万円、助言などは６〜１６万円との説明でした。
http://www.jhnfa.org/index.htm