ATP測定の判定基準（目安）があれば、
お教え下さいますようお願い致します。
現状で、２００を基準にしていますが、
大半超えてしまいます。

メーカーに確認してください。キットによって異なるはずです。
200は厳しい基準ですが、大半が超えてしまうのも対策が必要だと思います。