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納豆・ナチュラルチーズなどそれ自身に納豆菌・乳酸菌がいるものを原料にした加工食品の場合、衛生検査した場合、一般生菌数の基準をこれらの菌が起因で軽くこえてしまう場合があります この場合 納豆菌や乳酸菌の菌数を別にはかり、一般生菌数と差し引いた菌数を基準と照らし合わせ合否を判定してよいものでしょうか？（法令的に）
考え方としてはそのとおりと思います。 実際的には細菌数よりも納豆のサルモネラ陰性、ナチュラルチーズのリステリア陰性などが大事と考えられると思いますが……。
1 氷菓の成分規格はそのとおりですね。 (1) 氷菓は，その融解水1ml中の細菌数(はつ酵乳又は乳酸菌飲料を原料として使用したものにあつては，乳酸菌又は酵母以外の細菌の数)が，10,000以下でなければならない。 2 漬物の衛生規範は、細菌数の基準なく酵母1.0×10の3乗 CFU以下 3 洋生菓子の衛生規範には記載なしだが、チーズ等の原料の乳酸菌は考慮されるでしょう。 （参考；ナチュラルチーズは乳酸菌が検出されるものとされないものがある。イチゴを使ったケーキなどはイチゴ部分を検査対象としないこともある）