病院で栄養士として就職して２年目です。
食品衛生監視員の資格を持っていた為、市役所の職員の試験を受けてみたいと思うのですが（今年のは終わってしまいましたが）応募にはAとBの二種類があったのですが業務に何か違いがあるのでしょうか？

その市役所へ電話で照会されることをお勧めします。

＞応募にはAとBの二種類があったのですが業務に何か違いがあるのでしょうか？

市によって異なると思います。