自分で作った生クリームを入れたベイクドチーズケーキは、作ってからどれくらいもつのでしょうか？

市販品の場合は２〜３日としているところが多いのではないでしょうか。

期限の問題は、製造状況、保存状況などによって千差万別です。
以前発生した、コッペパンによるノロウイルス中毒では、製造直後にノロウイルスを付着させてしまい、商品をダメにしてしまった例です。

ご存知の通り、細菌等を含め病原性のものが付着していない限り、健康被害をもたらすことはありません。この場合はおいしさが日持ちの指標になります。

十分に火が通った商品では、中毒菌が残存したり、付着させない限りカビが増殖するまでが賞味期間になるのでしょう。しかし、それは繰り返しますが、水分や温度、取り扱いの良否によって千差万別です。

参考
食品期限表示の設定のガイドラインについて
http://www.maff.go.jp/www/counsil/counsil_cont/sougou_syokuryou/kyodo_kaigi/21kai/siryo2.pdf