うちの近所に個人でキムチを作って売ってる人が居ます。
アパートなのですが、ペットで犬を2匹、インコを2羽飼っています。
何度か作っている所をお邪魔した事があるのですが、犬、鳥共に
部屋を別にする事もなくキムチを作っています。
食品衛生法、衛生面でペットがいての食品販売はどうなのでしょう？
鳥は特に特別な菌を持っているとも聞くので怖いです。
部屋を別にすれば問題はないのでしょうか？
保健所に相談した方が良いのか迷っています。

> 保健所に相談した方が良いのか迷っています。

保健所に通報していただいたら、問題があれば指導すると思います。
ただ、そのペットは既に人と暮らしており、衛生面ではそんなに問題ないようですね（飼い主が病気になっているわけでもなさそうです）、体毛などが商品に混入し、営業者がお客さんから怒られる可能性は大いにありそうですね。
食品衛生面で言うと、ペットの鳥よりも生の鳥肉のほうが一般的に言ってサルモネラやカンピロバクターに汚染されているケースがあり危ないと言えます。肝の刺身や鶏わさは美味しいらしいですが中毒覚悟で食べないといけません（論点がずれましたごめんなさい）

怖いかどうかは別にして、違法（条例違反）の可能性はあります。