学校の文化祭でバザーを考えています。ネットで調べたら、公共の場で営業を目的とせず３日以内の場合は届け出でよいと書いてあったため、最寄りの保健所に問い合わせしたら、臨時営業許可の申請をするよう言われました。臨時営業許可の申請には手数料が必要なんですが、ネットでは届けでよいと書いてあったと言っても、他県のケースで本県ではだめだと言われました。県によって取り扱いは違ってもよいのでしょうか？

県によって取り扱いは違ってもよいのでしょうか？

当然異なります。本来、食品衛生法第21条による許可が必要とお考えください。しかし、特定の目的、例えば教育目的、地域の祭礼等により、例外的に許可を不要として運用していることがあります。
文化祭のバザーは教育目的等の例外的な運用には馴染まないとも考えられますがいかがでしょうか。
また、許可を必要としない場合にも、食品衛生法施行規則第5条に規定される表示はなさったほうが良いでしょう。